合肥检验检疫局于2012年6月经中编办批复设立，为正处级单位。2012年12月21日合肥出入境检验检疫局成立，2015年6月正式挂牌开检。依法担负合肥市辖区（不含合肥新桥机场办事处管辖业务）卫生检疫、动植物检疫、进出口商品检验、鉴定、认证和监督管理等具体检验检疫业务。

2017年， 合肥检验检疫局与合肥汇谦签约，选择合肥汇谦金蝶软件为财务部门提供财务核算软件产品及操作培训、售后服务等。